El descubrimiento en 1887 del sarcófago antropoide masculino fue el punto de arranque de los fondos arqueológicos del Museo de Cádiz. En los primeros cincuenta años del Museo, el grueso de los ingresos provino de las numerosas excavaciones realizadas en Cádiz en las necrópolis fenicia y púnica, dando lugar a una colección arqueológica excepcional. Posteriormente, hallazgos submarinos, excavaciones sistemáticas por toda la provincia, entradas procedentes de importantes yacimientos como el de Baelo Claudia (Bolonia) han conformado la sección de arqueología, de especial relevancia en algunos apartados como es el caso de los fondos fenicios y los ajuares funerarios romanos.

Estas salas no sólo ofrecen una cuidada selección de las piezas arqueológicas existentes en los fondos del museo, sino que también ilustran sobre cómo debió ser la vida y la actividad artesanal y mercantil en las distintas épocas.

• Sala 1: Prehistoria.
• Sala 2: Colonizaciones. Roma y Gades.
• Sala 3: Las Necrópolis romanas
• Sala 4: Escultura y epigrafía romanas
• Sala 5: Comercio
• Sala 6: La casa romana
• Sala 7: Urbanismo romano.