 | | El Oratorio con el púlpito y la reja del presbiterio, desaparecidos en las primeras obras | | En los años sesenta, la Comunidad de Marianistas que tenía a su cargo el templo, decidió realizar obras en el Oratorio de San Felipe Neri con el pretexto de celebrar la nueva liturgia dentro de la línea trazada por el Concilio Vaticano II. En 1967 empezaron las obras. Se sustituyeron los antiguos confesionarios por otros modernos y se eliminó el púlpito y la reja del presbiterio. Otros cambios proyectados pero que no llegaron a realizarse fueron modificar la torre y fachada del templo.Las quejas por tales reformas empezaron aquel mismo año y fueron incrementándose hasta llegar a 1970 en que la polémica llegó hasta el Ayuntamiento. Tras diversas notas en contra de las obras, suscritas por la Real Academia Hispano-Americana, el Ateneo de Cádiz, la Academia de Bellas Artes, la Alcaldía notificó al Director General de Bellas Artes el deseo de la población de que fueran suspendidas las obras. Esto se consiguió, pero el otro deseo de que volviera al templo lo quitado, nunca se llegó a realizar. | 
